三、本科目的账务处理如下:
(一)海洋运输企业经营运输业务所发生的各项费用，能够直接归属航次的各项费用，包括货物费、集装箱货物费、港口费、中转费、速遣及滞期费等，按规定的成本核算对象和成本项目汇集，借记本科目(运输支出——××船——××航次)，贷记“预付账款”、“备用金”等科目;对于不能直接归属航次的各项费用，先在“船舶固定费用”、“集装箱固定费用”等科目归集核算，期末，再将这些费用按规定的分配标准，分配记入有关业务成本，按分配记入运输业务成本负担的金额，借记本科目(运输支出——××船——××航次)，贷记“船舶固定费用”、“集装箱固定费用”等有关科目。
企业运输船舶领用、补给燃料、润料时，根据有关凭征，借记本科目(运输支出——××船——××航次)，贷记“燃料”、“材料”、“应付账款”等科目，会计期末应实地盘存，查明实际结存量，根据实际盘存量和规定的单价，冲减有关业务成本，借记“燃料(船存燃料)”、“材料(润料)”科目，贷记本科目(运输支出——××船——××航次)。下月初将前述分录转回，借记本科目(运输支出——××船——××航次)，贷记“燃料(船存燃料)”、“材料(润料)”科目。实地盘存资料难以取得时，可以各船舶接近期末的已完成航次结束后船舶轮机日志报告记录的燃料、润料结存数量作为期末结存数量，也可据此经必要的推算确定期末结存量。
运输船舶在营运生产中从事与运输无关业务，如旅客服务业务，港内作业，救援遇难船舶等发生的费用，属于“与运输成本无关费用”，不应记入运输业务成本。能够分清属于非运输工作的其它业务的船舶费用，如燃料费用、港口费用等，应直接记入其他业务成本，不通过本科目核算。不能够分清属于非运输工作的其它费用，期末应按各船舶本期从事运输工作和非运输工作天数的比例，计算和确定“与运输成本无关费用”的金额，借记“其他业务支出”等有关科目，贷记本科目(运输支出——××船——××航次)。
运输船舶因故(如厂修、自修、事故停航等)停航期间发生的燃料费、港口费等有关费用应作为船舶非营运期费用，应通过“船舶固定费用”科目“非营运期费用”项目单独归集和核算。
期末结算或决算时，如果船舶航次已完、运输支出单证尚未收到，应根据有关资料，预估支出入账时，借记本科目(运输支出——××船——××航次)，贷记“已完航次未达支出”科目。当运输支出单证到达时，以红字冲回上述分录，按运输支出单证借记本科目(运输支出——××船——××航次)，贷记“预付账款”、“燃料”、“应付账款”等科目。如运输支出单证到达时，年度决算已经办竣，应根据运输支出单证，借记本科目(运输支出——以前年度运输支出)，贷记“预付账款”、“燃料”、“应付账款”等科目。同时按上年已预估入账数以红字借记本科目(运输支出——以前年度运输支出)，贷记“已完航次未达支出”科目。
期末，对所有已完航次的成本结转“本年利润”科目。年终，对于开始和完成分别属于不同会计年度的航次即年末未完航次，如果对运输收入进行确认的情况下，应相应地确认未完航次的成本，即按已发生的航次成本结转“本年利润”科目。
海洋运输企业本科目期末若为借方余额，在资产负债表上并同“存货”项目反映。
(二)内河运输企业运输船舶所发生的船舶直接费用应根据原始凭证和有关费用分配表,借记本科目(运输支出)，贷记“燃料”、“材料”、“待摊费用”、“预提费用”、“应付工资”、“应付福利费”、“应付账款”、“银行存款”等科目。
有封冻、枯水等非通航期的企业，运输船舶在封冻、枯水等非通航期发生的船舶费用应通过“船舶维护费用”科目核算。
因发生洪水或建设水利、水电设施造成断航，船舶在断航期用于船舶照明、取暖等所耗用的燃料、船舶维护耗用材料以及留船船员工资和职工福利费等船舶直接费用，应记入“营业外支出”科目。
船舶临时从事非运输工作(如救援、临时出租、短期征用等)所发生的与运输业务无关的直接费用，于费用发生时一并在本科目归集，期末按规定方法计算予以扣除，借记“其他业务支出”等科目，贷记本科目(运输支出)。
计算扣除各类运输船舶的与运输成本无关的费用(临时从事非运输工作所应负担的船舶直接费用)，客轮、客货轮、货轮、油轮、驳船应按每营运吨天的船舶直接费用和船舶从事非运输工作营运吨天计算。拖(推)轮应按每营运千瓦天船舶直接费用和船舶从事非运输工作营运千瓦天计算。
企业的交通工作船舶、供应船舶、流动修理船舶以及自营港埠的港作船舶、趸船等发生的费用应分别在“辅助营运费用”和“营运间接费用”科目核算，不通过本科目核算。
期末，内河运输企业应将本科目余额转入“本年利润”科目，结转后本科目应无余额。
(三)港口企业经营装卸、堆存以及港务管理等业务发生的各项业务费用，应按区分不同业务成本的费用，分别记入装卸、堆存以及港务管理等业务成本。能直接记入不同业务成本项目的费用，借记本科目(装卸支出、堆存支出、港务管理支出)，贷记各有关科目;不能直接记入的费用应在“营运间接费用”等科目核算。月份终了，再将这些费用按规定的分配标准，分配记入有关业务成本，借记本科目(装卸支出、堆存支出、港务管理支出)，贷记“营运间接费用”等科目。
企业装卸队、机械队、工具队等装卸生产部门从事另有收费来源的杂项作业(如机械出租等)，应根据非装卸作业的工时记录、机械台时记录、工具领用记录和规定的单位费用或结算价格，编制“与装卸业务无关费用分配表”，据以扣除与装卸业务无关支出，结转由其他业务支出负担，借记“其他业务支出”，贷记本科目(装卸支出)。为了简化核算工作，也可按所取得的非装卸收入的一定比例作为扣除标准。
对企业仓库、堆场设施对外出租等与堆存无关业务，期末企业应根据业务部门提供的仓库、堆场及堆存设备的出租资料，按规定的计算方法计算与堆存无关业务应负担的费用金额，并借记“其他业务支出”科目，贷记本科目(堆存支出)。
期末，港口企业应将本科目的余额转入“本年利润”科目，结转后本科目一般应无余额。
(四)企业发生的事故费用、损失，除全损事故在“固定资产清理”科目核算外，其余海损、机损、货损、货差、污染、行车事故和人身伤亡等事故费用，包括施救、修理、赔偿、善后等直接损失，发生时，借记本科目(运输支出、装卸支出、堆存支出、港务管理支出——事故损失)，贷记“银行存款”、“其他应付款”等科目;应由保险公司负担的保险赔偿以及办理共同海损收回的赔偿款，以及应由事故对方或过失人负担的部分，借记“银行存款”、“其他应收款”等科目，贷记本科目(运输支出、装卸支出、堆存支出、港务管理支出——事故损失)。年终，对于当年不能结案的事故，企业可根据实际情况及有关资料，合理估计事故净损失预提事故费用，列入当年的运输成本，借记本科目(运输支出、装卸支出、堆存支出、港务管理支出——事故损失)，贷记“预提费用”科目;待事故结案时，将实际费用、损失与预提数的差额，调整结案年度的运输成本。
发生的货损、货差等质量事故损失(包括货物在运输过程中，因企业的责任所发生的货物丢失、短缺、毁损、受潮、污染、差错等事故，以及受损货物的削价损失费用等)，在扣除过失人支付的赔偿金额后，按净损失记入有关成本、费用的“事故损失”项目，借记本科目(运输支出、装卸支出、堆存支出、港务管理支出——事故损失)，贷记“银行存款”、“其他应付款”等科目。属于不可抗力造成的质量事故损失，按实际损失扣除残值和保险公司赔款后的净损失，记入当期营业外支出
