物料在高温好氧发酵仓内，通过强制通风与内部搅拌翻堆相结合的方式，保证氧气充分供给，以使物料中的挥发性有机质降解效率达到70%以上，确保处理后产物充分腐熟，以使物料中的寄生虫(卵)、病原菌，病毒等充分灭活，高温好氧发酵仓出料经由出料口排出。高温好氧发酵仓内产生的高湿、高温和高污染恶臭气体，排入气体净化箱进行净化。
在设备内预先投入的菌种，通过搅拌混合及适当的温度提供菌种适合繁殖的条件，在细菌繁殖的过程中将餐厨垃圾中的脂肪、蛋白质、淀粉等物质分解成水和二氧化碳，之后只剩下较少数残渣的这一过程，就是餐厨垃圾的处理过程。